2015年出现由盈转亏后，2016年联华超市依然以亏损收尾。联华超市发布2016年业绩，2016年公司实现营业额266.66亿元，同比下滑2%；净亏损4.5亿元，上年同期亏损4.97亿元，略收窄。

联华超市公告称，公司收入下滑主要是由于线下传统零售总额下滑；放缓网点新开速度，梳理网点资源，关闭业绩持续下滑网点；推进商品品类结构调整。同时2016年下半年，网点的改造转型计划逐步实施，转型改造期间网点销售负增长。而亏损有所收窄主要是由于实施线上与线下互动的新型销售模式及成本下滑等所致。不过，联华超市将大卖场同店销售同比下降2.79%也归因于“主要受线上销售抢占传统零售市场份额的影响”，不过联华超市也表示，将通过调整营业面积、扩大招商面积、降低成本费用、降低库存和人力成本等多种方式实现亏损门店的减亏增盈。

2016年，联华超市新开门店212家，关闭门店477家，关闭门店中395家为加盟店。其中，大型综合超市业态新开门店1家，关闭门店6家；超级市场业态新开门店120家，新开直营门店10家，新开加盟门店110家，超级市场业务继续保持在上海市场的领先优势；便利业态新开门店91家，其中直营门店35家，加盟门店56家。另外，集团同店销售同比下降约为1.23%。其中大型综合超市业态下降2.79%；超级市场业态增长0.61%；便利店业态增长6.31%，是惟一正向增长的领域，也是份额最小的领域。